医学院办学源头可追溯至1931年恩泽医局创办的本科医学班，临床学科原成立于1979年，临床医学系新批准于2003年，与直属型附属市立医院合署办公是2007年，设有8个教研室，承担临床医学专业、康复治疗技术专业、医学检验技术专业、护理学专业、助产专业等课程的教学任务。学科专业教学设施先进，设有门类齐全、功能完善的临床技能综合实验室。具有一所集医疗、预防、科研和教学于一体的大型综合性直属型附属医院，医院现有30多个学科，600多张病床，实际开放900张。年门诊量逾86.8万，年出院病人3.08万余人次，床位使用率93.74%，是台州市一流的综合性医院之一。
    从医学院的长远发展和目前教学工作的现状出发，建立一支人员精干、素质优良、结构合理、教学科研医疗为一体而相对稳定的教学梯队，是目前临床医学专业教学亟待解决的问题。两院（医学院和附属医院）领导提出：“整合医学院和附属医院的教育医疗资源，提高教育资源的使用效益，必须改革原有的临床医学系的组织机构，设置完备全新的组织机构”。只有通过规范建设和改革创新，才能进一步保证教学质量的提高。为此，2007年度临床医学系将组织机构改革作为医学系教学改革的重点。
  【专业设置】
一、临床医学专业（学制3年）
    培养目标：培养适应21世纪我市农村社会和医学发展需要，服务地方、面向基层、面向社区，具有较扎实的理论基础和较强实践能力，较高综合素质的应用型高级医学人才。
    主干课程：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、病原生物与免疫学、病理学、药理学、预防医学、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、五官科学、中医学。方向模块课程，全科医学方向：全科医学、社区卫生保健，急救医学方向：急救医学、临床护理技术19门。
二、康复治疗技术专业（学制3年）
    培养目标：培养具有中、西医基础医学知识、临床医学知识、康复医学基本理论和基本技能；具有良好的思想素质、职业道德、创新精神和实践能力；能在康复医院、综合医院康复科、疗养院、社区卫生服务中心等机构从事康复医疗服务的应用型康复治疗人才。
    主干课程：人体形态学、生理学、医学心理学、药理学、中医学概论、传统康复治疗学、诊断学、内科学、外科（骨科）学、神经病学、康复评定学、作业疗法学、物理疗法学、言语治疗学、运动疗法学、临床康复学16门。
三、医学检验技术专业（学制三年）
    培养目标：培养具有现代医学检验理念和医学检验基础理论、基本技能；具有良好的思想素质、职业道德、创新精神和实践能力；能在各级医疗、预防、保健机构从事医学检验工作的高素质、强能力应用型技术人才。
    主干课程：分析化学、生物化学、生理学、临床检验基础、血液学检验、生物化学检验、免疫学检验、微生物学检验8门。
四、护理专业（本科：学制四年）
    培养目标：培养具备护理学的基本理论知识和技能及人文社会科学、医学、预防保健的基本知识，具备良好综合素质和较强职业能力的，能在各类各级医疗单位中从事临床护理、护理管理、护理教学、护理科研及预防保健的宽口径、厚基础、高素质、强能力的高级护理人才。
    主干课程：人体形态学、生理学、病原生物与免疫学、病理学、药理学、护理学基础、健康评估、内科护理学、外科护理学、儿科护理学、妇产科护理学、心理健康与精神护理、急救护理学、护理管理学、预防医学15门。
五、护理专业(专科：学制三年)
    培养目标：培养具有现代护理理念，适应医学护理模式转变，具有整体护理所必需的专业基本理论知识和技能和医学、人文社会科学、预防保健的基本知识；具备良好的综合素质和较强职业实践能力，能在各类各级医疗机构从事临床护理及护理管理、护理科研、预防保健工作的高级护理人才。
    主干课程：人体形态学、生理学、病原生物与免疫学、药理学、护理学基础、健康评估、内科护理学、外科护理学、儿科护理学、妇产科护理学、心理健康与精神护理、预防医学13门。
六、助产专业(学制三年)
    培养目标：培养具有较扎实的专业基本理论知识、较强职业实践能力和良好综合素质、能在各级医疗机构从事产科医疗及护理工作的应用型专科技术人才。
    主干课程：人体形态学、生理学、病原生物与免疫学、病理学、药理学、诊断学、内科学、外科学、妇产科与妇产科护理学、儿科学、护理学基础11门。
【学科基础】
    临床医学系拥有重点实验室2个，承担着主干82门专业课程，校级合格课程9门，附属医院的眼科、耳鼻喉科、儿科、心血管内科、泌尿外科、肿瘤外科、神经内科、胃肠外科（普外1科）、肝胆胰外科（普外2科）、急诊医学科为重点学科，在市内外享有较高的声誉。是医学教学质量能够得到基本保证的医学卫生人才培养基地。
【教学条件】
    具有良好的临床教学条件，教学设备现有形态学实验室、显微镜实验室、机能学实验室、生化实验室、细胞分子生物学实验室、病原生物学与检验实验室、护理技能实验室、临床技能实验室、康复针灸推拿实验室以及预防医学与多媒体课件制作室等。目前实验室800元以上的教学科研仪器设备有2023台件，总计达1188万元，生均设备值10495元。现有10万元以上的大型设备12台件，如日本岛津7200型全自动生化分析仪1台，美国ABBOTT的AXSYM型全自动免疫发光仪1台，美国德灵生产的Autoscan-4型微生物鉴定药敏分析仪1台，日本希森美康生产的KX-21N型血细胞分析仪1台，德国徕卡CM1900型恒温冷冻切片机1台，美国的NPB840呼吸机1台，美国纳斯的LF03956U全功能急救模拟人1个，S300交互式急救模拟系统—成人模拟人1个，IDA-2000型高清晰度数码显微图象分析系统1套，HMIAS-2000Ⅱ型医学显微图象分析系统1台，以及迈瑞远望Ⅲ型中心监护系统1套， SLM-3型数字化裂隙灯眼前段分析系统等。此外，还有目前国内最先进的49座计算机控制多媒体数码互动系统显微镜实验室1个，61套JC3000.B/GGF型多媒体心肺听诊、触诊综合技能训练模型人实验室1个，25套JC3000.B/GGF型多媒体腹部触诊技能训练模型人及25套JC-H3000型多媒体心肺复苏综合技能训练模型实验室1个，ICU 实验室成套设备1套，学生用日本OLPS显微镜54台，Medlab-v/4cs型多媒体生物信号采集系统22套，美国纳斯公司生产的AC8型成人气管插管训练模型6套等大型成套设备。另有600多张病床供临床教学使用，并有完善的教学管理体制，具有严格规范的管理制度。
【教学质量】
    有较强的办学理念，不断深化教学改革，更新教学内容，多媒体教学达到90%，积极开展双语教学，建立切实有效的教学质量保证和监控体系。
【社会声誉】
    临床医学系为台州乃至全省培养了一大批卫生优秀人才，教学手段先进，教学过程规范，教学质量高，专业特点鲜明，毕业生就业率高，社会声誉好，在同行专业中有较高的知名度。